食品微生物检测的主要内容包括：检测食品中菌落的总数、致病菌、霉菌、大肠菌群以及酵母菌等繁殖的情况，通过检测对食品的卫生情况进行评定，为食品生产的卫生性、安全性提供可靠的依据。在自然界中微生物广泛的分布和存在，在食品中微生物主要依靠糖、脂肪、蛋白质等作为生存的条件，因此食品的微生物检验中，微生物检验的准确性很容易受到干扰。为确保食品微生物检验结果的准确性，检验人员需要在采样、取样以及检验等环节中进行无菌操作。
无菌操作主要是通过使用无菌器材，对植物组织、细胞传代、细胞接种等进行培养操作，防止微生物进入到无菌的范围内。微生物检验过程中，只有在检测设备和培养菌无菌的情况下，才能保证检验样品不受污染，同时保证食品微生物检验结果的准确性，可靠性。因此在一定程度上，可以将无菌操作理解为安全操作。但是在进无菌操作过程中要注意几方面的问题。
首先，在进行食品微生物无菌检验中，无菌操作的方法和过程，要严格根据食品微生物检验的相关规定和标准进行。针对一般的检验样品，需要在干净的区域内进行无菌检验，其中包括实验室和工作台等区域。而针对病原微生物分离的工作，检验人员要在二级生物实验室内进行具体操作。同时要确保实验室内的环境卫生，并且要定期对室内的桌面、实验台面和墙壁等进行消毒处理。在使用实验室之前，首先要用紫外线灯照射30分钟左右，确保室内处于无菌状态。除此之外，要定期对实验室的沉降菌进行统计，检查微生物生长繁殖的情况，尽量避免在无菌室内走动，严禁在无菌室内谈笑。检验人员在进入无菌室前，要对双手进行清洁，在缓冲室内更换好工作衣、帽、鞋等之后方可进入无菌室。
其次，微生物检验中在打开样品时，检验人员要注意与样品保持距离，物品没有经过消毒处理是不能接触检验样品的，尽量避免检验样品暴露在空气中，在拿取检验样品时，要使用无菌工具。同时要注意，检验人员的手臂尽量不要放在检验样品的上方，已经取出来的样品禁止放回原处。检验操作过程中，检验人员的检验速度要尽量放慢，使用接种用具前和使用后，都要对接种用具进行灼烧灭菌。
后，检验人员要注意在打开袋子或者瓶口前，使用酒精棉球对袋口或瓶口进行擦拭消毒。在进行液体培养物接种时，工作人员要保证菌液不能溅到其它器皿上或者工作台上，如果不小心溅到，用及时用酒精棉球进行灼烧灭菌，然后用消毒液擦拭干净。将带有菌液的检验用具放入消毒液中进行消毒，对无菌物品要进行分类放置，同时要进行定期检查。
